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Pôle Développements méthodologiques

Articles liés aux méthodologies pour l'étude des GAGs

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Une méthode à haute sensibilité pour l’analyse structurale des GAGs
L’équipe SAGAG a récemment mis en place dans son laboratoire une méthode hautement sensible pour déterminer la composition disaccharidique de GAGs (purifiés à partir de cellules en culture ou de tissus).
A pipeline to translate glycosaminoglycan sequences into 3D models.
Cet article décrit le pipeline bioinformatique construit par l'équipe de Sylvie Ricard-Blum, en collaboration avec A. Rivet et S. Perez (CERMAV) pour passer d’une séquence de glycosaminoglycane interagissant avec une protéine à son modèle 3D.
MatrixDB: integration of new data with a focus on glycosaminoglycan interactions
Cet article décrit les nouvelles fonctionnalités de la base de données d’interactions MatrixDB, notamment pour les glycosaminoglycanes dont on peut télécharger le code GlycoCT, l’image SNFG et la structure 3D déterminée expérimentalement ou le modèle 3D généré par l’outil GAG Builder, développé par le CERMAV (A. Rivet et S. Perez) qui est disponible sur le site du CERMAV (http://glycan-builder.cermav.cnrs.fr/gag/) et sur celui de MatrixDB (http://matrixdb.univ-lyon1.fr)