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Equipe SRB

Activités de l'équipe SRB

Les travaux de l’équipe concernent les réseaux d’interactions protéine-protéine et protéine-glycosaminoglycane formés dans la matrice péricellulaire et extracellulaire. Ils consistent i) à identifier de nouvelles interactions puis à les caractériser sur le plan structural en utilisant des approches expérimentales (Surface Plasmon Resonance, Bio-Layer Interferometry, Small Angle X-ray Scattering) et computationnelles (modélisation moléculaire), et ii) à construire et analyser les réseaux d’interactions extracellulaires impliqués dans la maladie d’Alzheimer, la régulation de l’angiogenèse et les interactions hôte-pathogènes à partir des données expérimentales et des données issues de la curation de la littérature. L’intégration dans ces réseaux de paramètres cinétiques et de l’affinité des interactions ainsi que des données transcriptomiques et protéomiques permet de hiérarchiser les interactions et de construire des réseaux dynamiques, spécifiques d’un tissu sain ou pathologique. Toutes ces données sont stockées dans la base de données MatrixDB (http://matrixdb.univ-lyon1.fr/) créée par l’équipe.

Les travaux actuels de l’équipe ont pour but d’intégrer dans la base de données MatrixDB l’ensemble des interactions protéine-GAG décrites dans la littérature et de standardiser le format sous lequel sont représentées la composition et les séquences des GAGs interagissant avec les protéines. Cela permettra  de déterminer s’il existe des motifs spécifiquement associés aux interactions avec des familles de protéines, à des fonctions moléculaires ou à des processus biologiques. Nous étudions parallèlement le réseau d’interactions péricellulaire et extracellulaire des syndécans entiers et de leurs ectodomaines, qui sont intrinsèquement non structurés, pour identifier de nouveaux partenaires et étudier le changement de conformation des syndécans (transition désordre - ordre) lorsqu’ils interagissent avec leurs partenaires.

 

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